Thành phố Nan Madol đã được xây dựng ở đây, tuy nhiên hiện chỉ còn là phế tích. Thành phố là kinh đô của triều đại Saudeleur cho đến khoảng năm 1500 SCN. Pohnpei được người châu Âu biết đến lần đầu vào năm 1828 bởi nhà hàng hải người Nga Fyodor Litke. Từ giữa thế kỷ 19 đến đầu thế kỷ 20, những người săn cá voi, những người truyền giáo và sau đó là người Tây Ban Nha và người Đức tiếp quản hòn đảo. Vào năm 1898, Tây Ban Nha đã bán hòn đảo cho Đế quốc Đức. Một cuộc nổi dậy chống lại người Đức đã nổ ra vào ngày 18/10/1910 và kết thúc vào tháng 2 năm sau. Một số người nổi dậy đã bị treo cổ sau đó, nhiều người khác bị đưa đi lao động khổ sai trên các hòn đảo khác của Đức của Thái Bình Dương.

Nhật Bản được quyền chiếm giữ Pohnpei cùng với toàn bộ Quần đảo Caroline, Quần đảo Marshall và Quần đảo Mariana (ngoại trừ Guam của Hoa Kỳ) sau Chiến tranh Thế giới thứ 1. Tuy nhiên, khi Nhật Bản thất trận trong Chiến tranh Thế giới thứ 2, tất cả công dân Nhật Bản đã bị bắt buộc dời khỏi hòn đảo. Trong khi nhiều họ hàng người Pohnpei của họ vẫn còn ở lại. Hòn đảo sau đó là một phần của Lãnh thổ ủy trị Quần đảo Thái Bình Dương do Liên Hợp Quốc ủy quyền cho Hoa Kỳ cai quản. Liên bang Micronesia hoàn toàn độc lập vào năm 1986.